La Capilla de San Juan de Dios o de la Misericordia, sita en la Calle San Juan de Dios de Marbella, en el corazón del casco antiguo de Marbella junto a la Parroquia de la Encarnación y rodeada de callecitas tipicas andaluzas en un entorno que la hacen particularmente atractiva.

Forma parte del antiguo Hospital de la Misericordia que se construyó en el siglo XVI . Dicho edificio se compone del Hospital y de la propia Capilla. Esta, es una bella muestra del gótico mudejar; su interior tiene una sola nave cubierta por una armadura de madera de tres paños, reforzada por tirantes dobles cuyas estrellas no se decoran geométricamente, sino con simbolos eucarísticos como la Hostia y el Cáliz, elementos que reflejan un desgaste de la tradición mudejar y, por tanto, pudieron ser añadidos con posterioridad a la construcción del Hospital. El Altar mayor, precedido por un arco triunfal de medio punto, se cubre con una bóveda semiesférica sobre pechinas. En el exterior, la fachada de piedra se abre en un arco de medio punto decorado con un friso de bolas y dos hornacinas a ambos lados de la puerta. El arco esta enmarco por una moldura cilíndrica, rematada también con bolas.

Los hospitales del siglo XVI, podian ser de fundación real, acogian a todo tipo de pobres, forasteros o no, o creados por el patronazgo local, normalmente para el socorro de los menesterosos de la propia ciudad. En marbella existian dos hospitales: el de la Encarnación, fundado por el alcaide y regidor, D. Alonso de Bazán y el Hospital Real de la Misericordia, fundado por los Reyes Católicos y dedicado al cuidado de los pobres forasteros. Este Hospital, atendido por la cofradía de la Misericordia, fue incluido en el siglo XVII en las reformas que el obispo Fray Alonso de Santo Tomás inició en el Hospital Real de la Caridad de Málaga a consecuencia de la peste de 1678-1680, que consistieron en entregar la gestión de los hospitales reales a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, reconocida por su eficacia y entrega en el cuidado de los apestados. En 1686, la orden recibio el Hospital Real de la Misericordia, al que destinó cinco religiosos, siendo su prior fray Miguel Ramirez de la Cruz. El Hospital, desde entonces llamado San Juan de Dios, se amplió de inmediato, pasando a tener de cinco a trece camas.

Esta Capilla fue cedida a nuestra Cofradía por parte del Ayuntamiento de Marbella, a cuya cabeza se encontraba el Alcalde D. Francisco Cantos Gallardo, en el año 1.969, la cual seria sede canónica de la misma desde ese momento.

La última reforma tuvo lugar en el año 1987, al encontrarse  muy deteriorada debido al paso del tiempo y a las inclemencias meteorológicas. Gracias a la colaboración del Ayuntamiento de Marbella, se acometió la reparación del pavimento, bastante deteriorado, sobre todo en la zona del presbiterio, así como de la fachada, que ha sufrido una radical transformación en su aspecto externo. También se eliminaron las numerosas capas de pintura que cubrian la rancia puerta blasonada del siglo XVIII.

Esta reforma, permitió recuperar su  aspecto original de piedra vista con dos hornacinas laterales con bolas en la base y dosel coronado, donde se situaban a principios de siglo las imágenes de San Juan de dios y San Rafael